fastar语言教学-fast learn

本文目录一览：

• 1、澳大利亚英语的发音
• 2、怎样用r程序分割fasta文件
• 3、新手求助:用perl处理fasta文件
• 4、R语言中通过ggmsa包展示多序列比对结果
• 5、samtools建立fasta索引
• 6、使用R语言将fasta转phylip格式

澳大利亚英语的发音

1、australia　英 [strel] 美 [strelj]n. 澳大利亚 形容词： Australian 例句：Australias a big country.澳大利亚是个幅员辽阔的国家。

2、Australia。英＇strel；美＇strel。

3、Australia　英 [strel] 　 　 美 [strelj]n. 澳大利亚 形容词： Australian 例句 用作名词（n.）My foreign teacher came from Australia.我的外籍教师来自澳大利亚。

4、澳大利亚的英语怎么读：Australia；音标：英[strel]，美[strelj]。例句：She hankered to go back to Australia.（她很渴望回到澳大利亚。

5、Australia的读音是：英 [strel]；美 [strelj] 。Australia的释义如下：n. 澳大利亚（大洋洲国家位于整个澳大利亚大陆上并包括其邻近若干岛屿首都堪培拉）。n. 澳洲。

怎样用r程序分割fasta文件

1、C：\LABawk /^/ && i++%2==0{j++} {print \out_file\ j \.txt\} in_fasta.txt 似乎达到了要求。

2、先我们可以试试使用fastq-dump的–split-3参数。

3、使用paml软件里的mcmctree功能需要phylip格式的比对结果，找了以下，发现用R包phylotools转化最方便，另外提醒一下要用mcmctree的朋友，我发现mcmctree的序列名字长度不能超过50个字符，如果超出的话，建议先改名字再转化。

新手求助:用perl处理fasta文件

文章中给出了一段Perl脚本用来将一个fasta文件中的序列每两条一组分割成若干个文件。用Perl处理文本文件当然是非常合适的。

我写的Perl脚本修改了原文件格式和顺序（哈希表的 sort 真是个谜），以后有时间我会考虑一下如何保留所有原格式输出，暂时将就着用吧。

一般应该是由fastq转化为fasta（给出四种）：fasta文件缺失信息，***设quality score of 40。

Fasta格式，又叫Person（Fasta的主要作者）格式，是SeaView 最简单的格式，使用最多。Fasta格式先以一单行的描述开始，后接序列的详细数据。

R语言中通过ggmsa包展示多序列比对结果

多序列比对表示不同序列中的氨基酸/核苷酸的位点同源性。 将序列比对用于进化分析时，处于相同位置的氨基酸/核苷酸位点则被认为在进化上是同源的，并且具有共同的祖先 。

目前，由同时比对10条序列的MSA程序包，还有应用于多序列比对问题的随机启发式算法，模拟退火 算法，图像取样，遗传算法等。做多序列比对的原因：系统发育分析用于描述同源序列之间的亲缘关系的远近，应用到分子演化分析中。

# 使用arules软件包中的Groceries数据集，该数据集是某一食品杂货店一个月的真实交易数据，使用R完成以下要求：（软件包：arules；数据集：Groceries； 函数：apriori（）# （1）利用apriori（）函数进行关联分析，支持度为0.01，置信度为0.5。

对于序列数目多的情况下，在所有可能的多序列比对中，找出使得目标函数值最佳的比对，是一个NP-Complete问题。

samtools建立fasta索引

$ samtools index abc.sort.bam $ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai faidx 对fasta文件建立索引，生成的索引文件以.fai后缀结尾。

bcftools是samtool中附带的软件，在samtools的安装文件夹中可以找到。 Options： -f –来输入有索引文件的fasta参考序列； -F –gap-frac FLOAT 含有间隔reads的最小片段。 -l –positions FILE BED文件或者包含区域位点的位置列表文件。

对fasta文件建立索引，比如基因组的文件，生成的索引文件以.fai后缀结尾。

sam文件转换为bam文件——SAMtools - （jianshu***）默认是按序列在fasta文件中的顺序（即header）和序列从左往右的位点排序。

使用R语言将fasta转phylip格式

但是phylip又不能直接把vcf文件作为输入文件，它的输入格式要求如下 第一行的两个数字分别为样本数和SNP数目 第二行的第一列为物种名称，一定要是10个字符的长度，长度不足可以用空格填充.第二列则是要用于比对的SNP序列。

其二，无论是核酸序列还是蛋白序列，一般应当先做成FASTA格式。FASTA格式的序列，第一行由符号“”开头，后面跟着序列的名称，可以自定义，例如user1，protein1等等。将所有的FASTA格式的序列存放在同一个文件中。

使用paml软件里的mcmctree功能需要phylip格式的比对结果，找了以下，发现用R包phylotools转化最方便，另外提醒一下要用mcmctree的朋友，我发现mcmctree的序列名字长度不能超过50个字符，如果超出的话，建议先改名字再转化。

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